Los HEP son hongos que causan enfermedades en insectos y ácaros, lo que permite controlar plagas sin dejar residuos y con un muy bajo impacto en el medioambiente y las personas. Los HEP afectan la capacidad de alimentarse de insectos y ácaros, por lo que finalmente mueren. Además su acción es muy específica ya que atacan a una especie o a grupos de especies muy relacionadas entre si, sin afectar a las especies benéficas. Los hongos entomopatógenos invaden a los insectos penetrando su cutícula mediante procesos enzimáticos. Una vez en el interior del insecto la colonia de hongos se desarrolla y produce toxinas que provocan la muerte del mismo.

En el caso de los hongos del CTCB, los HEP se formulan como esporas deshidratadas, pellets y líquidos emulsionables. En el primer formato los envases contienen un billón de esporas almacenadas al vacío, lo que equivale a la dosis de una hectárea.

 En la actualidad el CTCB cuenta con cepas para el control de, entre otras, las siguientes especies plaga:

• Capachito de los frutales (Asynonychus cervinus)
• Cabrito de la frambuesas (Aegorhinus supeciliosus)
• Gusano del frejol (Graphognatus leucoloma)
• Burrito de la vid (Naupactus xantographus)
• Gorgojo de la frutilla (Otiorhynchus rugosostriatus)
• Gorgojo de los invernaderos (Otiorhynchus sulcatus)
• Pololo dorado (Sericoides viridis)
• Pololo verde (Hylamorpha elegans)
• Pololo café (Phytoloema herrmanni)